2018-2019 sezonunun ara transfer döneminde Fenerbahçe’ye transfer olan Miha Zajc, yeni sezon öncesi yeniden takıma dahil oldu. Ocak 2019’da sarı-lacivertliler ile 4,5 yıllık sözleşme imzalayan Zajc, 2020-2021 sezonu öncesi İtalyan ekibi Genoa’ya kiralandı.
Sezon sonunda yeniden Fenerbahçe ile çalışmalarına başlayan Zajc, bu kez takımın değişmez oyuncularından biri oldu. 2022 yazında ise takımın başına geçen Jorge Jesus ile birlikte alternatif oyuncu olan Zajc, 23 lig maçının 12’sinde sahaya 11’de çıkarken, tüm kulvarlarda 34 maçta 5 gol, 4 asistle sezonu tamamladı.
29 yaşındaki futbolcu, Fenerbahçe forması altında 122 maça çıkarken 20 gol, 19 asistlik performans sergiledi. Sarı-lacivertlilerle sezonu Ziraat Türkiye Kupası şampiyonluğu ile tamamlayan Zajc’ın sözleşmesi de Haziran 2023’te sona ermişti. Oyuncu ve menajeriyle görüşmelerini sürdüren Fenerbahçe, 3 yıllık yeni sözleşmeye imza atacak. Sarı-lacivertlilerden bugün yapılan açıklamada, “2023-2024 sezonu yapılandırmasını sürdüren Profesyonel Futbol Takımızda; 2018-2019 sezonundan bu yana formamızı giyen oyuncumuz Miha Zajc ile 3 yıllık yeni sözleşme imzalamak üzere anlaşmaya varılmıştır” denildi.
